Unit kerja yang bertanggungjawab atas penjaminan mutu internal di Fakultas Pertanian adalah Gugus Penjaminan Mutu (GPM) Fakultas sebagai unit independen yang bertanggungjawab langsung kepada Dekan. Target sistem penjaminan mutu difokuskan pada dua hal yaitu bidang akademik dan non akademik. Kebijakan tertulis sebagai dasar penetapan sistem penjaminan mutu internal di Fakultas Pertanian antara lain:
- SK Rektor Nomor 001A/01/SK/UNISBA.1/I/2015 tentang Badan Penjaminan Mutu Universitas
- SK Rektor Nomor 012/UNIBSA/PJM/SK/VII/2018 tentang Standar Mutu Pendidikan Universitas Islam Balitar
- Sk Rektor Nomor p021/UNISBA/PJM/SK/VII/2018 tentang Standar Mutu Penelitian Universitas Islam Balitar
- SK Rektor Nomor 024/UNISBA/PJM/SK/VII/2018 tentang Standar Mutu Pengabdian kepada Masyarakat Universitas Islam Balitar